Kwestie związane z jednolitym plikiem kontrolnym są kwestiami nieco kontrowersyjnymi, dlatego że w momencie wejścia do użytku jpk nastąpiło znaczące zróżnicowanie celów i metod, w jakich dostępne były rozliczenia. Obecnie program do faktur, JPK i VAT jest uniwersalnym narzędziem, które pozwala na zarządzanie wszystkimi dokumentami nie tylko wewnętrznymi skierowanymi do fiskusa, ale też deklaracjami, które wysyłamy do ZUS-u oraz do innych instytucji. W tym przypadku ważne jest też, by zadbać o odpowiednie jakości konkretnych programów, do tego, że nie wszystkie współpracują ze sobą. W sytuacji, gdy zależy nam na współpracy programu z programem wstecznej technologii, konieczne jest przeprogramowanie danego modułu bądź też zastosowanie zamiennika w postaci kompleksowego programu, który pozwoli nam na zarządzanie odrębnymi modułami.
